Problemstellung

Es wird die Abbildung der korrekten 3D-Darstellung eines bestimmten Moleküls benötigt.

Lösungswege

  1. Eingabe der Moleküldaten in der stark vereinfachten SMILES-Schreibweise und anschließend erzeugen einer MOL-Datei.
    Wasserstoffatome werden je nach Valenz automatisch ergänzt.
    Verbindung SMILES
    Propan CCC
    2-Methylpropan CC(C)C
    Propan-2-ol CCOC
    Propanon CC(=O)C
    Ethen C=C
    Ethin C#C

    Hierzu werden zwei Skript-Varianten zur Verfügung gestellt:
    1.1 Bash-Skript für Linux mit OpenBabel smiles2mol.sh
    Hier werden zur Vorbereitung die SMILES Daten vorher für jedes Molekül in einzelne Dateien mit der Benennung Molekuelname.smiles gespeichert. Beispieldateien

    Dazu wird die Skriptdatei als smiles2mol.sh z.B. ins Desktop-Verzeichnis gespeichert.
    Auf Debian/Ubuntu basierten Systemen müssen vorher die folgenden Programmpakete installiert werden:
    sudo apt-get install openbabel zenity
              
    Ausgeführt wird das Skript mit:
    cd Desktop
    chmod +x smiles2mol.sh
    ./smiles2mol.sh
              
    1.2 Python-Skript für Windows oder Linux mit OpenBabel smiles2mol.py

    Dazu wird die Skriptdatei als smiles2mol.py z.B. ins Desktop-Verzeichnis gespeichert.
    Auf Debian/Ubuntu basierten Systemen müssen vorher die folgenden Programmpakete installiert werden:
    sudo apt-get install python2.7 python-openbabel python-imaging
              

    Die Skriptdatei muss unter Linux zunächst ausführbar gemacht werden:
    cd Desktop
    chmod +x smiles2mol.py
             

    Das Skript kann unter Linux entweder wie folgt ausgeführt werden, oder mit Doppelklick > Im Terminal ausführen
    ./smiles2mol.py
              

    Unter Windows benötigt man OpenBabel-GUI, Python und Python-Openbabel


    1.3 Python-Tkinter-Skript für Windows oder Linux mit OpenBabel smiles2mol.pyw

    Dazu wird die Skriptdatei als smiles2mol.pyw z.B. ins Desktop-Verzeichnis gespeichert.
    Auf Debian/Ubuntu basierten Systemen müssen vorher die folgenden Programmpakete installiert werden:
    sudo apt-get install python2.7 python-openbabel python-imaging
              
    Die Skriptdatei muss unter Linux zunächst ausführbar gemacht werden:
    cd Desktop
    chmod +x smiles2mol.pyw
             
    Das Skript kann unter Linux anschließend einfach mit einem Doppelklick ausgeführt werden.
  2. Suche nach der MOL-Datei direkt mit dem Namen mit Chemstructure oder Opsin
  3. Anzeige der MOL-Datei im Webbrowser 3D-Molekülbetrachter und export als Bilddatei